Wszystko wskazuje na to, że Łapczyca to najstarsza miejscowość na Ziemi Bocheńskiej. Już w IX - XI wieku funkcjonował tu gród i osada książęca położone niedaleko Raby. Mieszkańcy grodu oprócz uprawy ziemi zajmowali się również pozyskiwaniem soli z miejscowych słonych źródeł. O powstaniu szybko rozwijającej się osady zadecydowało także jej położenie przy prastarym trakcie handlowym biegnącym z obszaru Węgier do Krakowa. Ta droga z racji jej przebiegu grzbietami łapczyckich wzgórz nosi dziś nazwę Górnego Gościńca lub szlaku Via Regia Antiqua.

Pierwsze wzmianki źródłowe o Łapczycy pochodzą z dokumentu z lat 1123 - 1125, w którym kardynał Idzi zatwierdził nadania monarsze dla klasztoru benedyktynów w Tyńcu. Jest mowa m.in. o nadaniu mnichom tynieckim w roku 1105 Łapczycy ("Labscicia") z Kolanowem i solą, przez królową Judytę (drugą żonę Władysław Hermana). W 1229 r. osada była już dobrze zorganizowana, skoro znajdował się tu targ i karczma. W 1288 r. książę Leszek Czarny nadał wsi prawo niemieckie, co oznaczało m.in. powstanie lokalnego samorządu na czele z sołtysem i ławą wiejską.

Czasy panowania króla Kazimierza Wielkiego zaznaczyły się w Łapczycy wzniesieniem murowanego kościoła gotyckiego pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Marii Panny, oraz zwiększeniem ruchu handlowego na trakcie węgierskim. O znaczeniu ówczesnej Łapczycy, świadczy fakt, że od 1356 r. jej sołtysi zasiadali w sądzie najwyższym prawa niemieckiego na zamku krakowskim. W roku 1379 opat tyniecki Wojciech odsprzedał część wsi (przy granicy z Kolanowem) szlacheckiej rodzinie Goździów pochodzących z Chronowa. Przedstawiciele tego rodu w XV w. toczyli burzliwe spory o ziemię i świadczenia z opatem tynieckim i plebanem łapczyckim. Z kolei sołtysi Łapczycy wywodzili się z rodu Giedczyckich, właścicieli pobliskich Gierczyc.

Sporo wiadomości o średniowiecznej Łapczycy zapisał Jan Długosz w swoim dziele "Liber beneficiorum" z lat 1470 - 80. Wg Długosza, we wsi było 30 łanów, w tym 6 sołtysich, 3 karczmy i młyn sołtysa na Rabie. Mieszkańcy wsi składali klasztorowi tynieckiemu daninę w wysokości 30 jaj, 2 koguty, 2 sery, a w czasie przyjazdu do wsi opata zapewniali mu wyżywienie dając m.in. 30 achteli piwa. Oprócz tego oczywiście pracowali na polach klasztornych orząc, siejąc, zbierając i zwożąc plony w czasie żniw. Nieco później (1529 r.) większość świadczeń w naturze zamieniono na pieniądze, stąd klasztor tyniecki pobierał ze wsi 28 grzywien czynszu, 1 grzywnę "krownego", 40 groszy za 24 korce daniny w owsie.

W XVI stuleciu do Łapczycy na krótko zawitały prądy reformacji, a konkretnie arianizmu. Wiadomo, że około 1570 r. nauki różnowiercze wygłaszano w domu sołtysa Maciejowskiego, drobnego szlachcica, który propagował arianizm wśród ludności wiejskiej korzystając z pomocy księdza Jana Tobiasza, miejscowego wikarego. W drugiej połowie wieku, a może i wcześniej, w Łapczycy działała szkoła parafialna. W 1597 r. prowadził ją Jan Drozd, a na parafianach spoczywał obowiązek naprawy budynku szkolnego.

W czasach zaborów, Austriacy odebrali Łapczycę klasztorowi tynieckiemu i przyłączyli ją, podobnie jak i inne okoliczne wsie, do dóbr kameralnego urzędu gospodarczego w Niepołomicach. II połowie XVIII w. zaborcy wytyczyli też nową drogę, tzw. "trakt cesarski do Wiednia", która biegła podobnie jak dzisiejsza droga E 40, z tym że, na końcu Łapczycy skręcała na południe i biegła na Gdów, Wieliczkę i dalej do Krakowa. W XIX w. wieś stała się znana także z corocznych pielgrzymek bochnian do starego kazimierzowskiego kościoła. Pierwsza taka pielgrzymka odbyła się w 1849 r. i dzięki niej miała ustąpić epidemia cholery w Bochni. Według danych z 1884 r. Łapczycę zamieszkiwało 1412 mieszkańców, w tym 40 Żydów.

Chwalebną kartę w dziejach Łapczycy i całego regionu bocheńskiego zapisała chłopski syn Józef Chwałkowski, który będąc jeszcze uczniem bocheńskiego gimnazjum wyruszył do powstania styczniowego i zginął w 1863 r. w bitwie pod Miechowem. Jego bohaterstwo upamiętnia kamienny obelisk, ufundowany przez mieszkańców wsi w 1913 r., a odnowiony staraniem miejscowego oddziału Związku Strzeleckiego w 1934 r.

Wiek XX przyniósł Łapczycy ciężkie lata I i II wojny światowej, ale i też budowę wielu obiektów publicznych. Najważniejszy z nich to nowy kościół parafialny, wybudowany w 1933 r. wg projektu znanego architekta Jana Sasa-Zubrzyckiego. W okresie okupacji niemieckiej pochodzący z Łapczycy ppłk. Julian Więcek ps. "Topola" został komendantem Obwodu ZWZ-AK w Bochni i zarazem dowódcą 12 pułku piechoty ZWZ-AK Ziemi Bocheńskiej. Jego postać upamiętnia dziś obelisk wzniesiony w centrum Łapczycy

W latach powojennych powstała nowa szkoła podstawowa im. Marii Skłodowskiej-Curie, Dom Ludowy, przedszkole, sklepy; doprowadzono prąd, gaz, wodę, telefony, unowocześniono gospodarstwa rolne mieszkańców.

 Ciekawostki

• Prowadzone w ostatnich latach badania archeologiczne na terenie Łapczycy potwierdziły, iż tereny te były zamieszkałe przez różne grupy ludności od młodszej epoki kamienia począwszy. Na jednym ze stanowisk neolitycznych (ponad 4000 lat p.n.e) odkryto nawet pracownię obróbki krzemienia.
• Władający częścią Łapczycy przedstawiciele szlacheckiego rodu Goździów, znani byli z gwałtownego usposobienia i konfliktów z prawem. jeden z nich - Piotr Goźdź, w roku 1468 urządził zajazd na dobra Piotra z Książnic. W jego wyniku napastnicy rozbili bramę z niszczyli dwór Piotra, zabierając z niego mienie o wartości 150 grzywien.
• Pierwszym studentem z Łapczycy był niejaki Marcin, który w 1455 r. zapisał się na Akademię Krakowską
• Z Łapczycy pochodził Józef Seruga, historyk sztuki, współautor pionierskiego i znakomitego opracowania "Kościół Narodzenia Najświętszej Marii Panny w Łapczycy"z 1919 r., zamordowany w Katyniu w 1940 r.